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El Parque Nacional Chiloé protege uno de los ecosistemas más valiosos de los bosques templados valdivianos, caracterizado por árboles centenarios y una gran biodiversidad.
Destacan especies como el alerce (Fitzroya cupressoides), uno de los árboles más longevos del planeta, junto con coigües, lenga, tineo, mañío y raulí. El sotobosque es muy rico y está compuesto por helechos, musgos, orquídeas y una gran variedad de plantas nativas que aportan humedad y vitalidad al bosque.
Además, en las zonas costeras y humedales cercanos, la vegetación se mezcla con pastizales y matorrales adaptados al clima oceánico.
La fauna del parque es muy diversa y destaca por especies endémicas y protegidas. El pequeño y esquivo monito del monte (Dromiciops gliroides), un marsupial relicto, es símbolo de la biodiversidad chilena. También habitan mamíferos como el puma, el zorro chilote, el ciervo rojo y el coipo (un roedor semiacuático).
El parque es refugio de numerosas aves, incluyendo el huillín (una nutria endémica), el cisne de cuello negro, el chucao, el carpintero negro y el martín pescador. En las áreas costeras se pueden observar gaviotas, cormoranes y otras aves marinas. La presencia de anfibios y reptiles, algunos endémicos, complementa la riqueza faunística del parque.